Algorithmique de la bio-informatique
6 crédits Jean-François ZAGURY et Jean-Louis SPADONI EPN07 - Chimie Vivant Santé Unité d'enseignement de type cours
Publié Du 01-09-2014 au 31-08-9999
Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.
Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.
Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés de comprendre le fonctionnement des principaux programmes de la bio-informatique et pour pouvoir les utiliser au mieux.
L'unité BNF103 apparaît dans 3 cursus.
1) Bases algorithmiques
2) Alignements multiples et recherche de motifs
3) Recherche de similarités dans les banques : BLAST et FASTA
4) Assemblage de séquences et présentation de logiciels
5) Automates et expressions régulières
6) Recherche de gènes : méthodes heuristiques
Examen final
| Titre | Auteur(s) |
|---|---|
| Bioinformatics | AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA) |
| Initiation à la programmation et aux algorithmes (Scheme) | L. Bloch Ed Technip |
| Introduction à l'algorithmique | T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest et T. Stein Ed Dunod |