BNF104

Utilisation et applications de la bio-informatique


6 crédits Jean-françois ZAGURY et Jean-louis SPADONI EPN07 - Industries, chimie, pharma et agroalimentaires Unité d'enseignement de type cours

Publié Du 01-09-2014 au 31-08-9999

Prérequis

Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2).
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.

Objectifs pédagogiques

Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies.

Compétences

Connaissance et utilisation des banques de données et des logiciels existants sur le Web, qui permettent déjà de traiter de manière puissante les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques).

Apprentissage des problématiques bio-informatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies.

Contenu

1) Rappels de base de biologie à usage pour la bio-informatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage massif du génome  (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, génétique d'association, initiation à l'utilisation des données NGS avec Galaxy.

Description des modalités de validation

Examen final

Bibliographie

TitreAuteur(s)
Bioinformatics, Wiley Interscience. New-YorkAD Baxevanis et al.
Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. Edition QuaeDenis Tagu et Jean-Loup Risler

Thésaurus du Cnam :

  • Biotechnologie
  • Génétique
  • Bioinformatique
  • Banque de données
  • Algorithmique
  • Langage informatique
  • Génétique moléculaire
  • Génie génétique
  • Drug design

Thésaurus Formacode :

  • 12008 - bio-informatique

Secrétariat

Libellé
Bioinformatique
Nom du contact
Isabelle Corbeau
Numéros de téléphone
Aucun numéro de téléphone
Adresse postale
17.0.16, 292 rue St Martin
Paris 75003