Utilisation et applications de la bio-informatique

Réf. : BNF104

Sessions de formation

(Fuseau horaire : Europe/Paris)

Centre Cnam Paris - Formation 1er Semestre en présentiel

La période de cours est planifiée du 16/09/2024 au 18/01/2025

L'inscription est actuellement terminée pour cette session

Centre Cnam Paris - Formation 1er Semestre ouverte et à distance

La période de cours est planifiée du 16/09/2024 au 18/01/2025

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Centre Cnam Paris - Formation 2nd Semestre hybride

La période de cours est planifiée du 03/02/2025 au 07/06/2025

L'inscription est ouverte jusqu'au 14/03/2025 17:00

Présentation

Public, conditions d'accès et prérequis

Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie, d'un DUT de Biologie appliquée ou de tout diplôme équivalent bac+2.
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.

Objectifs

Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies.

Contenu

1) Rappels de base de biologie à usage pour la bio-informatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bio-informatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (RasMol, Cn3D, VMD). Prédiction de structure, méthodes automatiques.
5) Problématiques Bio-informatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage massif du génome  (Next Generation Sequencing, NGS), puces de génotypage, puces de transcriptome, génomique sur cohorte et maladies, génétique d'association, initiation à l'utilisation des données NGS (Galaxy-JupyterHub).

Bibliographie

Titre Auteur(s)
Bioinformatics, Wiley Interscience. New-York AD Baxevanis et al.
Bio-informatique. Principes d'utilisation des outils. Edition Quae Denis Tagu et Jean-Loup Risler
Bioinformatique - 2e édition: Cours et applications Deléage Gilbert et Gouy Manolo

Modalités d'évaluation

  • Examen final

Examen final sur ordinateur